Ωστόσο οι «Βαυαροί» κερδίζουν την άνοδο στη μεγάλη κατηγορία, δύο χρόνια μετά, παρατάσσοντας μια νεανική ομάδα, με ανερχόμενα ταλέντα όπως ο Φραντς Μπεκενμπάουερ, ο Γκερντ Μίλερ και ο Ζεπ Μαγιερ, οι οποίοι λίγο αργότερα θα μείνουν γνωστοί ως «ο άξονας».
Στην παρθενική της χρονιά στην Μπουντεσλίγκα, η Μπάγερν καταφέρνει να τερματίσει στην τρίτη θέση (πρωταθλήτρια ομάδα ήταν το Μόναχο 1860) και να κατακτήσει το κύπελλο επικρατώντας στον τελικό της Μεϊντερίχερ SV 4-2. Η επιτυχία αυτή ανοίγει στους Βαυαρούς τον δρόμο για το Κύπελλο Κυπελλούχων της επόμενης σεζόν, το οποίο και κατακτούν χάρη σε ένα γκολ του Φραντζ Ροθ στην παράταση του τελικού κόντρα στην Ρέιντζερς. Ο ερχομός του Μπράνκο Ζέμπετς στο «τιμόνι» του συλλόγου θα σημάνει και την αλλαγή στο αγωνιστικό στυλ ομάδας, που από φύσει επιθετικό μετατρέπεται σε πιο ορθολογικό, οδηγώντας τους Βαυαρούς στο πρώτο νταμπλ της ιστορίας τους την περίοδο 1968-69.
Η επόμενη σεζόν είναι μια από τις πιο στείρες από διακρίσεις χρονιές στην ιστορία του συλλόγου, καθώς οι «κόκκινοι» δεν θα κατακτήσουν κανένα εγχώριο τίτλο, ενώ δεν θα πετύχουν και κάτι αξιόλογο στην Ευρώπη. Η σεζόν 1970-71 σηματοδοτεί την έλευση του Ούντο Λάττεκ στην τεχνική ηγεσία της ομάδας, η οποία εγκαινιάζει και το ολοκαίνουριο Στάδιο του Μονάχου, το οποίο θα φιλοξενήσει τους Ολυμπιακούς αγώνες του 1972. Στο εναρκτήριο ματς της περιόδου, οι Βαυαροί συντρίβουν με 5-1 τη Σάλκε και εν συνεχεία κατακτούν τον τίτλο. Ο συγκεκριμένος αγώνας ήταν και ο πρώτος της Μπουντεσλίγκα που μεταδόθηκε ζωντανά από την τηλεόραση.
Εκείνη η ομάδα θα φτάσει στο ζενίθ της λίγα χρόνια αργότερα. Επί τρία συναπτά έτη, 1974, 1975 και 1976 η Μπάγερν κερδίζει το κύπελλο Πρωταθλητριών επικρατώντας των Ατλέτικο Μαδρίτης, Λιντς και Σεντ Ετιέν με σκορ 4-0, 2-0 και 1-0 αντίστοιχα, επίτευγμα που μόνο οι Ρεάλ Μαδρίτης και ο Άγιαξ, είχαν καταφέρει μέχρι τότε. Το τελευταίο τρόπαιο για εκείνη την εποχή είναι το διηπειρωτικό κόντρα στην Κρουζέιρο (1976), που θα αποτελέσει και το κύκνειο άσμα για τον θρυλικό πλέον «άξονα» της ομάδας, μιας και ο Φραντζ Μπεκενμπάουερ παίρνει μεταγραφή στους Νιου Γιορκ Κόσμος (1977), ο Γκερντ Μίλερ μετακομίζει στους Φορτ Λόντερντέιλ Στράικερς, ενώ οι Ζεπ Μάγερ και Ούλι Χένες αποσύρονται (1979).
Μετά από ένα διάλειμμα μερικών ετών η Μπάγερν Μονάχου επανέρχεται στα πρωταθλήματα κερδίζοντας έξι τη δεκαετία του ’80, με παίκτες όπως ο Πολ Μπράιντερ και ο Καρλ Χάιντζ Ρουμενίγκε. Στα δύο τελευταία πρωταθλήματα της δεκαετίας στον πάγκο της ομάδας βρίσκεται ο Γιουπ Χάινκες, ο οποίος όμως μετά τη δεύτερη θέση την περίοδο 1990-91 και τον παραλίγο υποβιβασμό την επόμενη χρονιά (τερμάτισε πέντε βαθμούς πάνω από την επικίνδυνη ζώνη) απομακρύνεται από την τεχνική ηγεσία του συλλόγου.
Η επάνοδος του Μπεκενμπάουερ το 1993 -αυτή τη φορά στο «τιμόνι» της ομάδας- οδηγεί την ομάδα και πάλι σε ένα πρωτάθλημα ύστερα από ένα κενό τεσσάρων ετών, αλλά μετά ο «Κάιζερ» αναλαμβάνει την προεδρία του βαυαρικού συλλόγου. Ο ερχομός των οι Τζιοβάνι Τραπατόνι και Όττο Ρεχάγκελ, δεν μετουσιώνεται σε τίτλους, παρ’ όλες τις δάφνες που φέρουν τα βαρύγδουπα ονόματα τους. Είναι η περίοδος που οι παίκτες της Μπάγερν δίνουν συχνά συνεντεύξεις στον Τύπο, κάτι που έχει ως αποτέλεσμα να κολλήσει στην ομάδα το παρατσούκλι «FC Hollywood». Αυτά τα γεγονότα αναγκάζουν τον Μπεκεμπάουερ να φορέσει... για άλλη μια φορά την φόρμα εργασίας, υπό την καθοδήγηση του οποίου η ομάδα κατακτά το κύπελλο UEFA την περίοδο 1995-96, νικώντας στον τελικό την Μπορντό 2-0. Ο Τραπατόνι θα επιστρέψει αλλά η απώλεια του πρωταθλήματος από την Καϊζερσλάουτερν του Ρεχάγκελ, τον οδηγεί και πάλι στην πόρτα της εξόδου.
Η εξαετία (1998-2004) θεωρείται από τις πιο επιτυχημένες στην ιστορία του συλλόγου, και όχι άδικα αφού οι Βαυαροί υπό τις οδηγίες του Ότμαρ Χίτζφελντ κατακτούν τέσσερα πρωταθλήματα και τρία κύπελλα Γερμανίας, το τέταρτο Champions League της ιστορίας τους και το δεύτερό τους διηπειρωτικό, χάνοντας μάλιστα κυριολεκτικά μέσα από τα χέρια τους, ένα δεύτερο ευρωπαϊκό πρωτάθλημα σε 90 δευτερόλεπτα, στον αλησμόνητο τελικό κόντρα στην Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ.
Ο Μάγκατ αντικαθιστά τον Χίτζφελντ, φέρνοντας δύο συνεχή νταμπλ στο Μόναχο, και ενώ η ομάδα έχει ήδη μετακομίσει στο «Αλιάντζ Αρίνα», το οποίο μοιράζεται με το Μόναχο 1860. Μετά την απόλυση του Μάγκατ, η επανένωση με τον Χίτζφελντ δεν είναι το ίδιο επιτυχημένη, με αποτέλεσμα οι διοικούντες του γερμανικού συλλόγου, να στραφούν στον Γιούρκεν Κλίνσμαν. Ο πρώην ομοσπονδιακός τεχνικός της εθνικής Γερμανίας, δυστυχώς δεν ανταποκρίνεται στις απαιτήσεις της ομάδας, με αποτέλεσμα να αναλάβει ως υπηρεσιακός και πάλι ο Χάινκες, μέχρι τα ηνία του συλλόγου να δοθούν στον Λουίς Φαν Γκάαλ, ο οποίος το 2010 θα κατακτήσει το ντάμπλ και θα ηττηθεί στον τελικό του Τσάμπιονς Λιγκ από την Ίντερ με 2-0. Η επόμενη σεζόν μπορεί να θεωρηθεί καταστροφική για τους Βαυαρούς που τερμάτισαν τρίτοι στο πρωτάθλημα ενώ νωρίτερα είχαν αποκλειστεί στα νοκ άουτ από την Ίντερ. Η διοίκηση κινήθηκε άμεσα και έφερε πίσω στο Μόναχο τον Χάινκες, τον οποίο στήριξε παρά το γεγονός ότι η ομάδα τελείωσε τη σεζόν 2011-12 χωρίς κάποιο τρόπαιο και έχοντας υποστεί οδυνηρή ήττα στον τελικό του Τσάμπιονς Λιγκ στο γήπεδό τους από την Τσέλσι. Τα καλύτερα όμωσ ήρθαν την επόμενη σεζόν. Την αγωνιστική περίοδο 2012-13 η Μπάγερν τα διέλυσε όλα: εγχώρια ρεκόρ, έκανε το τρεμπλ που κυνήγησε το το 1999 και το 2010. Παρά την απίστευτη επιτυχία, το πλήρωμα του χρόνου είχε έρθει για τον Γιουπ Χάινκες, ο οποίος παρέδωσε τα πετυχημένα κλειδιά της Μπάγερν στον Πεπ Γκουαρντιόλα που αποφάσισε να επιστρέψει στους πάγκους μετά το... ρεπό που είχε πάρει μια χρονιά. Η σεζόν 2013-14 μπορεί να θεωρηθεί εξίσου ιστορική για το καμάρι του Μονάχου παρά το γεγονός ότι ο Πεπ δεν κατάφερε να οδηγήσει την ομάδα του στην κατάκτηση του Τσάμπιονς Λιγκ αφού γνώρισε βαρύ αποκλεισμό από τη μετέπειτα πρωταθλήτρια Ευρώπης Ρεάλ Μαδρίτης. Η ευκαιρία του για τρεμπλ, πήρε παράταση για το 2015...
Τα μέλη της Μπάγερν Μονάχου αριθμούνται αυτή τη στιγμή σε περισσότερα από 217.000, ενώ υπάρχουν πάνω από 2.500 επίσημα αναγνωρισμένοι σύλλογοι, με 181.700 μέλη. Εκτός από το ποδοσφαιρικό, ο σύλλογος διατηρεί και άλλα τμήματα όπως μπάσκετ, χάντμπολ, γυμναστικής, σκάκι, μπόουλινγκ, αλλά και διαιτητών.
Η τροπαιοθήκη
27 Πρωταθλήματα Γερμανίας: 1931-32, 1968-69, 1971-72, 1972-73, 1973-74, 1979-80, 1980-81, 1984-85, 1985-86, 1986-87, 1988-89, 1989-90, 1993-94, 1996-97, 1998-99, 1999-2000, 2000-01, 2002-03, 2004-05, 2005-06, 2007-08, 2009-10, 2012-13, 2013-14, 2014-2015, 2015-16, 2016-17
18 Κύπελλα Γερμανίας: 1957, 1966, 1967, 1969, 1971, 1982, 1984, 1986, 1998, 2000, 2003, 2005, 2006, 2008, 2010, 2013, 2014, 2016
6 DFB Liga-Pokal: 1997, 1998, 1999, 2000, 2004, 2007
6 DFB-Supercup: 1982, 1987, 1990, 2010, 2012, 2016
5 Πρωταθλητριών: 1974, 1975, 1976, 2001, 2013
1 Κυπελλούχων: 1967
1 UEFA Cup: 1996
1 UEFA Super Cup: 2013
2 Διηπειρωτικά: 1976, 2001
1 FIFA Club World Cup: 2013