Στο λυκαυγές του 20ου αιώνα η τύχη του συλλόγου αλλάζει, όταν στις 18 Μαρτίου του 1900, τέσσερις φανατικοί ποδοσφαιρόφιλοι, οι Φλόρις Στέμπελ, Κάρελ Ρίσερ, και τα αδέρφια Χαν και Γιοχαν Ντάντε, απολαμβάνοντας το ποτό τους στο διάσημο καφέ-μπαρ «Ανατολικές Ινδίες», αποφασίζουν να δώσουν νέα πνοή στον ημιθανή ποδοσφαιρικό σύλλογο, τον όποιο όμως φροντίζουν πρωτίστως να τον ξανά-βαπτίσουν. Η φιλομαθής παρέα των νεαρών φίλων, επηρεασμένη από τις διδαχές της «Ιλιάδας» του Ομήρου, μετονομάζει τον σύλλογο σε «Άγιαξ», εμπνευσμένη από τον Αρχαίο Έλληνα ήρωα του Τρωικού πολέμου, τον Αίαντα τον Σαλαμίνιο, ξακουστό για την τρομερή του δύναμη και απαράμιλλη ανδρεία.

Κατά την πρώτη δεκαετία ζωής του νέου Άγιαξ τα πράγματα δεν κυλούν και τόσο ομαλά. Αν και ξεπερνάει γρήγορα τα ερασιτεχνικά πρωταθλήματα του Άμστερνταμ, στην μεγάλη κατηγορία του Ολλανδικού ποδοσφαίρου θα καταφέρει να ανέβει το 1911. Η χρονιά αυτή θα σημάνει και την αλλαγή στην φανέλα του συλλόγου, λόγω της ομοιότητας με αυτή της Σπάρτα Ρότερνταμ, που μεσουρανούσε εκείνη την εποχή στο Ολλανδικό πρωτάθλημα. Έτσι, οι κάθετες κόκκινες και άσπρες ρίγες, έδωσαν τη θέση τους στην πλατιά κόκκινη ρίγα μπρος- πίσω, εμφάνιση που ο σύλλογος διατηρεί μέχρι και σήμερα.

Το ντεμπούτο του «Αίαντα» στην μεγάλη κατηγορία δεν συνοδεύεται από επιτυχίες, καθώς το αναγεννημένο σωματείο  δεν μπορεί να σταθεί απέναντι στις μεγάλες ομάδες και ο υποβιβασμός έρχεται φυσιολογικά το 1914, για πρώτη και μοναδική φορά στην ιστορία του συλλόγου. Την αμέσως επόμενη σεζόν επιστρέφει στα «μεγάλα σαλόνια» και μάλιστα κατακτά δυο συνεχόμενα πρωταθλήματα τις επόμενες δυο σεζόν, τα οποία όμως κρίνονται άκυρα από την Ολλανδική ομοσπονδία λόγω του πρώτου παγκοσμίου πολέμου.

Ο πρώτος μεγάλος τίτλος έρχεται το 1917 με προπονητή τον Τζακ Ρέινολντς (Jack Reynolds), υπό την καθοδήγηση του οποίου ο «Αίαντας» κατακτά το κύπελλο Ολλανδίας, συντρίβοντας στον τελικό με 5-0 την VSV. Το 1918 η ομάδα κερδίζει το πρώτο - αναγνωρισμένο αυτή τη φορά- πρωτάθλημα Ολλανδίας, επίτευγμα που επαναλαμβάνεται και την επόμενη χρονιά.

Αν και η δεκαετία του '20 θεωρείται ίσως από τις πιο στείρες στην ιστορία του συλλόγου σε επίπεδο διακρίσεων, αποτελεί όμως σταθμό στην ιστορία του συλλόγου για δύο κυρίως λόγους. Ο πρώτος σχετίζεται με την διαμάχη που ξεσπά με τη Φέγενορντ, όταν το 1921 η ομάδα του μεγάλου λιμανιού της χώρας, μετέχει για πρώτη φορά στην μεγάλη κατηγορία. Στο πρώτο παιχνίδι κόντρα στον Άγιαξ, ο «Αίαντας» παίρνει τη νίκη με ένα γκολ που κακώς μέτρησε. Η Φέγενορντ ζητά την παρέμβαση της δικαιοσύνης και το ματς οδηγείται στα... δικαστήρια, όμως, η ομάδα του Ρότερνταμ δεν δικαιώνεται. Ήταν η αρχή μιας μεγάλης κόντρας ανάμεσα στις δύο ομάδες, με τα μεταξύ τους παιχνίδια να παίρνουν δίκαια τον τίτλο του Ολλανδικού Ελ Κλάσσικο (Klassieker στα ολλανδικά).

Ο δεύτερος λόγος αφορά στους Ολυμπιακούς Αγώνες του 1928, οι οποίοι αφήνουν προίκα στον Άγιαξ το Ολυμπιακό Στάδιο του Άμστερνταμ, το οποίο και θα γίνει η νέα έδρα του συλλόγου, μιας και το παλιό ξύλινο στάδιο, δεν μπορούσε να ικανοποιήσει τις απαιτήσεις της ομάδας.  Η δεκαετία του '30 αποδεικνύεται περίοδος-ορόσημο για το σύλλογο, αφού η ομάδα κυριαρχεί στο Ολλανδικό πρωτάθλημα κατακτώντας 5 πρωταθλήματα, ενώ το 1934 μετακομίζει στο ολοκαίνουριο γήπεδο μετέπειτα γνωστό ως «Ντε Μέερ», χωρητικότητας 29.500 θέσεων. Ένα γήπεδο όπου ο Άγιαξ θα χτίσει το μύθο του, τόσο στο Ολλανδικό όσο και στο Ευρωπαϊκό ποδόσφαιρο για περισσότερο από 60 χρόνια.

Η αλλαγή έδρας ωστόσο είχε και κάποιο αντίκτυπο, για την ομάδα. Το Άμστερνταμ πριν το δεύτερο παγκόσμιο πόλεμο είχε πάνω από 100.000 Εβραίους κατοίκους. Το γεγονός αυτό συν το ότι οι εβραϊκές γειτονιές ήταν δίπλα από το «Ντε Μέερ» έδωσαν στο σύλλογο την άτυπη προσωνυμία «Εβραίοι» την οποία θα υιοθετήσουν πολλά χρόνια αργότερα οι σκληροπυρηνικοί οπαδοί του Άγιαξ, προκαλώντας πολλές και ποικίλες αντιδράσεις.

Στη δεκαετία του '40, ο σύλλογος κατακτά μόνο ένα εθνικό πρωτάθλημα το 1947 και ένα κύπελλο Ολλανδίας το 1942, καθώς οι παλιοί επιτυχημένοι αθλητές, έχουν αρχίσει πια να αποχωρούν. Το 1955 το ολλανδικό πρωτάθλημα μετατρέπεται σε επαγγελματικό και ο Άγιαξ κατακτά τον τίτλο το 1957 αλλά και αυτόν του 1960, ενώ το 1961 θα συμμετάσχει για πρώτη φορά σε ευρωπαϊκή διοργάνωση, και συγκεκριμένα στο κύπελλο κυπελλούχων.

Στα μέσα της δεκαετίας του ΄60, τις τύχες του συλλόγου αναλαμβάνει ένας παλιός του παίκτης, ο Ρίνους Μίχελς, ο οποίος έμελλε ν’ αλλάξει το ρου της ιστορίας του ποδοσφαίρου, σε παγκόσμιο επίπεδο. Ο Μίχελς υιοθετεί το μοντέλο των ακαδημιών, το TIPS, το οποίο καλλιεργεί συστηματικά 4 όψεις του ταλέντου ενός ποδοσφαιριστή, την τεχνική (Technique), την οξυδέρκεια (Insight), την προσωπικότητα (Personality) και την ταχύτητα (Speed). 

Απόρροια αυτού του πρωτοποριακού μοντέλου, είναι το επαναστατικό για την εποχή σύστημα του «Total Football», δηλαδή, του «ολοκληρωτικού ποδοσφαίρου», το οποίο ισχύει και σήμερα! Οι βασικές αρχές αυτού του συστήματος, προϋποθέτουν τη διαρκή κίνηση των ποδοσφαιριστών μέσα στον αγωνιστικό χώρο. Με τον τρόπο αυτό, ο αμυντικός μετατρέπεται σε επιθετικό και τούμπαλιν, δημιουργώντας έτσι σύγχυση στον αντίπαλο, περιορίζοντας του ταυτόχρονα την κίνηση και την ανάπτυξη του δικού του παιχνιδιού. Για τον Μίχελς, οι έως τώρα κλασσικές θέσεις των ποδοσφαιριστών δεν έχουν ιδιαίτερη σημασία, αφού όλοι μπορούν να παίξουν παντού.

Το όραμα του Μίχελς, αρχίζει ν’ αποδίδει καρπούς. Οι ακαδημίες του συλλόγου, βγάζουν μεγάλα ταλέντα όπως οι Ρούντι Κρολ, Άρι Χάαν, Γιόχαν Νέεσκενς, και το συνώνυμο του ολοκληρωτικού ποδοσφαίρου Γιόχαν Κρόιφ, οι οποίοι θα δημιουργήσουν την θρυλική ομάδα της περιόδου 1965-1973. Ο «Ιπτάμενος Ολλανδός» μάλιστα  θα βραβευθεί 3 φορές  με την «χρυσή μπάλα» (τις 2 με την φανέλα του Άγιαξ) ενώ θα συμπεριληφθεί στους κορυφαίους ποδοσφαιριστές παγκοσμίως, με αρκετούς μάλιστα να πιστεύουν πως υπήρξε καλύτερος από τους  Μαραντόνα και Πελέ.  Χρόνια αργότερα, προς τιμήν αυτού του τόσο μεγάλου ποδοσφαιριστή, το ολλανδικό Σουπερ Καπ θα πάρει το όνομα του ενώ ο Άγιαξ θ’ αποσύρει τη φανέλα με το νούμερο 14 το 2007.

Στα χρόνια του Μίχελς ο Άγιαξ αγωνίζεται στον πρώτο τελικό της ιστορίας του. Το 1969 αντιμετωπίζει τη Μίλαν για το Κυπέλλου Πρωταθλητριών, αλλά ηττάται με το βαρύ 4-1. Το 1971 επιστρέφει στους τελικούς, αντιμετωπίζοντας στο Γούεμπλεϊ τον Παναθηναϊκό, του οποίου και επικρατεί με 2-0, κατακτώντας τον πρώτο ευρωπαϊκό του τίτλο. Το 1972 και το 1973 έρχονται ακόμα δύο Κύπελλα Πρωταθλητριών όμως χωρίς τον Μίχελς στον πάγκο. Ο αντικαταστάτης του, ο Στέφον Κάβας, ο οποίος πέρασε και αυτός από τα μέρη μας, πράττοντας σοφά, δεν θα μεταβάλει την αγωνιστική ταυτότητα της ομάδας. Εξάλλου, ο Άγιαξ ήταν δίχως υπερβολή κλάσεις ανώτερος από κάθε αντίπαλο. Ο τρόπος παιχνιδιού του ήταν μη αντιμετωπίσιμος. Μάλιστα, η νίκη του επί της Ίντερ στον τελικό του 1972 συμβόλισε το θάνατο του κατενάτσιο.

Η συγκεκριμένη χρονιά κρίνεται απολύτως επιτυχημένη, αφού η ομάδα κατακτά όλες τις διοργανώσεις στις οποίες λαμβάνει μέρος (Νταμπλ στην Ολλανδία, Πρωταθλητριών, Διηπειρωτικό, Ευρωπαϊκό Σούπερ-Καπ), ενώ παράλληλα ταξιδεύει στην Ελλάδα, σε μια προσπάθεια να αναζητήσει τις ρίζες του. Με αρκετούς αναπληρωματικούς, αγωνίζεται στο «ξερό» γήπεδο της Σαλαμίνας με τον τοπικό Αίαντα, του οποίου επικρατεί με 2-0. Μετά το 1973, ο σύλλογος χάνει πολλούς από τους πρωτοκλασάτους παίκτες, με κυριότερο τον «Ιπτάμενο Ολλανδό» ο οποίος εντάσσεται στο δυναμικό της Μπαρτσελόνα, και ως εκ τούτου ακολουθεί περίοδος παρακμής.

Ο Άγιαξ επανέρχεται δυναμικά στο προσκήνιο το 1977 όταν και κατακτά το πρωτάθλημα, όπως επίσης και τα επόμενα 5, παρουσιάζοντας μία ομάδα από νέα αστέρια του Ολλανδικού ποδοσφαίρου, που μαζί με τον Κρόιφ που έχει γυρίσει στην ομάδα το 1981, συνθέτουν ένα αξιόμαχο σύνολο. Το 1983 ο «Ιπτάμενος Ολλανδός» αποχωρεί για άλλη μια φορά, για να επιστρέψει όμως το 1985 ως προπονητής πια, στον σύλλογο που τον ανέδειξε. Ο Κρόιφ εφαρμόζει τακτικές που επιτρέπουν στον Άγιαξ να αποδώσει ένα άκρως επιθετικό ποδόσφαιρό, με πρωταγωνιστές τα νέα του μεγάλα ταλέντα Μάρκο φαν Μπάστεν και Φράνκ Ράικαρντ. Χαρακτηριστικό αυτής της φιλοσοφίας είναι ότι τη πρώτη χρονιά του στο πάγκο του Άγιαξ η ομάδα τελειώνει τη σεζόν έχοντας σκοράρει 120(!) φορές αν και δεν κερδίζει το πρωτάθλημα, τερματίζοντας  πίσω από την PSV Αϊντχόφεν. Το 1987 σηκώνει το κύπελλο Κυπελλούχων κόντρα στη Λοκομοτίβ Λειψίας, ενώ την επόμενη χρονιά υπερασπίζεται τον τίτλο του κόντρα στην Μαλίν, χωρίς ωστόσο να το καταφέρει, αφού ηττάται με 1-0.

Η επόμενη σεζόν σηματοδοτείται από την διωγμό του Κρόιφ, από την τεχνική ηγεσία της ομάδας λόγω κακών αποτελεσμάτων, που έχει σαν επακόλουθο την φυγή των περισσοτέρων αστεριών του - ανάμεσά τους και ο φαν Μπάστεν, ο οποίος θα μετακομίσει στη Μίλαν- και έτσι ο Άγιαξ συνεχίζει να βλέπει την πλάτη της PSV, τα επόμενα χρόνια. Το 1990 ο σύλλογος  επανέρχεται στα πρωταθλήματα υπό την καθοδήγηση του Λίο Μπενάκερ, αλλά τιμωρείται με ποινή αποκλεισμού ενός χρόνου από τις ευρωπαϊκές διοργανώσεις, λόγω ρίψης αντικειμένων στον αγώνα με την Αούστρια Βιέννης.

Την περίοδο 1992-1993 στον πάγκο βρίσκεται ο Λούις Φαν Γκααλ ο οποίος προσπαθεί με κάθε τρόπο να αξιοποιήσει τις ακαδημίες και να επαναφέρει το δόγμα του επιθετικού ποδοσφαίρου στο Ντε Μερ. Η επάνοδος στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις είναι εντυπωσιακή για τον Αίαντα, αφού κατακτά το  Κύπελλο ΟΥΕΦΑ στο διπλό τελικό με την Τορίνο. Παρ΄ όλα αυτά το πολυπόθητο πρωτάθλημα δεν έρχεται.

Το 1993 η ομάδα τερματίζει τρίτη, χάνει τον Ντένις Μπέργκαμπ που αναζητά την τύχη του στην Ιταλία, αλλά ο Φαν Γκααλ πείθει τον Ράικαρντ να επιστρέψει και συνεχίζει να δουλεύει μεθοδικά. Οι Κλάιφερτ, Ζεεντορφ, Ντάβιτς, Ραιζιγκερ, Κανού, Φαν ντε Σααρ, Οβερμαρς, Λιτμάνεν, Μπογκάρτε και οι αδελφοί Ντε Μπούρ αποτελούν ένα υλικό πυραυλοκίνητο. Τα φοβερά και τρομερά μωρά του Φαν Γκάαλ («United Colors of Ajax ήταν ένα άλλο προσωνύμιο εκείνης της φουρνιάς λόγω της ασυνήθιστης παρουσίας, για τα τότε ευρωπαϊκά δεδομένα, αρκετών έγχρωμων παικτών) διδάσκουν ποδόσφαιρο για πολλά ενενηντάλεπτα.

Το Τσάμπιονς Λιγκ του 1995 έρχεται  πιο εύκολα απ’ ό, τι μαρτυρά το ανεμικό 1-0 του τελικού εναντίον της Μίλαν, ενώ λίγο αργότερα θα έρθει και το Διηπειρωτικό κόντρα στη Βραζιλιάνικη Γκρέμιο. Το 1996 ο Άγιαξ, βρίσκει αντιμέτωπο στο δρόμο για τον τελικό, για άλλη μια φορά τον Παναθηναϊκό, όμως η «υπερταχεία Δώνης» και η αποτελεσματικότητα του Βαζέχα, προς στιγμήν βάζει φρένο στο όνειρο. Το ιστορικό 0-1 στο Άμστερνταμ δεν στερεί τη συμμετοχή στον μεγάλο τελικό, μετά και το θριαμβευτικό 0-3 στην Αθήνα, όμως αποδεικνύει ότι ο Αίαντας είναι τελικά τρωτός.  Στον τελικό η Γιουβέντους περιμένει με άγριες διαθέσεις, και το παιχνίδι κρίνεται στα πέναλτι, όπου οι Ιταλοί κατακτούν το τρόπαιο με 4-2.  

Η επόμενη χρονιά είναι  η τελευταία έκλαμψη αυτής της ομάδας, η οποία ήταν περισσότερο μια σπασμωδική κίνηση, παρά αληθινός βρυχηθμός του θηρίου που ξύπνησε. Το 1996 είναι εξίσου σημαδιακή χρονιά με αυτή του 1934, καθώς η ομάδα θα μετακομίσει από τα γήπεδο Ντε Μέερ που γκρεμίζεται, για να εγκατασταθεί στο ολοκαίνουριο κόστους 134 εκ. δολαρίων Αμστερνταμ Αρίνα, που έχει χωρητικότητα περίπου 52.000 θέσεις.

Από κει και έπειτα, η ομάδα κατακτά ένα ακόμα πρωτάθλημα το 1998, ενώ την επόμενη αλλά η συνέχεια είναι απογοητευτική, καθώς δεν κατορθώνει να κερδίσει κάποια διάκριση, τόσο εντός όσο και εκτός των συνόρων. Το 1999 ο Νίκος Μαχλάς, γίνεται ο πρώτος Έλληνας που παίρνει μεταγραφή στο σύλλογο, με τον οποίο ο Άγιαξ κατακτά το πρωτάθλημα το 2002. Το 2004, και ενώ ο Μαχλάς έχει πια αποχωρήσει, άλλος ένας έλληνας περνά το κατώφλι του Άμστερνταμ Αρίνα. Ο λόγος για τον Γιάννη Αναστασίου, ο οποίος συμβάλει τα μέγιστα, ούτως ώστε ο Αίαντας να κατακτήσει το πρωτάθλημα, που θα είναι και ο τελευταίος που κατακτά η ομάδα μέχρι το τέλος της δεκαετίας. Το 2005, ο Άγγελος Χαριστέας θα γίνει ο τρίτος κατά σειρά Έλληνας παίκτης που θα φορέσει τη φανέλα του Άγιαξ, με τον οποίο θα κατακτήσει το Κύπελλο Ολλανδίας το 2006, πριν αποχωρήσει οριστικά μαζί με τον Αναστασίου την ίδια χρονιά.

Οι τίτλοι του Άγιαξ

Πρωταθλήματα Ολλανδίας (Eredivisie) (33): 1917-18, 1918-19, 1930-31, 1931-32, 1933-34, 1936-37, 1938-39, 1946-47, 1956-57, 1959-60, 1965-66, 1966-67, 1967-68, 1969-70, 1971-72, 1972-73, 1976-77, 1978-79, 1979-80, 1981-82, 1982-83, 1984-85, 1989-90, 1993-94, 1994-95, 1995-96, 1997-98, 2001-02, 2003-04, 2010-11, 2011-12, 2012-2013, 2013-14

Κύπελλα Ολλανδίας (KNVB Cup) (18): 1916-17, 1942-43, 1960-61, 1966-67, 1969-70, 1970-71, 1971-72, 1978-79, 1982-83, 1985-86, 1986-87, 1992-93, 1997-98, 1998-99, 2001-02, 2005-06, 2006-07, 2009-10

Σούπερ Καπ Ολλανδίας (Johan Cruijff Shield) (8): 1993, 1994, 1995, 2002, 2005, 2006, 2007, 2013

Κύπελλο Πρωταθλητριών Εύρώπης/ Τσάμπιονς Λιγκ (4): 1971, 1972, 1973, 1995

Κύπελλο Κυπελλούχων (1): 1987

Κύπελλο ΟΥΕΦΑ (1):1992

Σούπερ Καπ (2): 1973, 1995

Διηπειρωτικό κύπελλο (2): 1972, 1995