Τα επόμενα δύο χρόνια, πραγματοποίησε εξαιρετικές εμφανίσεις με τη φανέλα του Κολομβιανού συλλόγου, βοηθώντας τον να τερματίσει στην 2η θέση, σκοράροντας μάλιστα και 33 γκολ σε όλες τις διοργανώσεις. Τότε ήταν που απέκτησε και το περιβόητο παρατσούκλι «Ελ Μπάφαλο» (ο Βούβαλος), εξαιτίας του όγκου και της τρομερής του δύναμης, με την οποία σκορπούσε τον τρόμο στις αντίπαλες άμυνες.
Τα κατορθώματα του δεν πέρασαν απαρατήρητα από την Ρίβερ Πλέιτ, η οποία το 1986 και κάτω από άκρα μυστικότητα, εξασφάλισε την υπογραφή του, δείχνοντας μ’ αυτόν τον τρόπο το πόσο εκτιμούσε τις ικανότητες του. Ο Αργεντινός επιθετικός, δικαίωσε με το παραπάνω τα λεφτά της μεταγραφής του, οδηγώντας την ομάδα του στην κατάκτηση του Κόπα Λιμπερταδόρες- διοργάνωσης αντίστοιχης με αυτής του Πρωταθλητριών στην Ευρώπη - και του Κόπα Ιντερκοντινεντάλ. Στο Κόπα Λιμπερταδόρες μάλιστα, σκόραρε και στα δύο παιχνίδια. Τόσο στη νίκη με 2-1 στην Κολομβία επί της Αμέρικα Κάλι, όσο και στη ρεβάνς του Μπουένος Άϊρες (1-0).
Οι άνθρωποι της Ρίβερ έτριβαν τα χέρια τους, για αυτή την τόσο μεγάλη επιτυχία, όμως υπολόγιζαν χωρίς τον Έλληνα μεγαλοτραπεζίτη και μεγαλοεκδότη, Γιώργο Κοσκωτά. Ο τότε πρόεδρος του Ολυμπιακού, σκορπούσε τα πεντοχίλιαρα σαν τραπουλόχαρτα, έχοντας βάλει ως στόχο να ξαναφέρει τον σύλλογο του Πειραιά στην κορυφή του Ελληνικού ποδοσφαίρου. Ακόμα και οι «εκατομμυριούχοι» δε μπορούσαν παρά να υποκύψουν στην δελεαστική προσφορά του Έλληνα μεγιστάνα και έτσι ο 25χρονος τότε Φούνες πήρε το αεροπλάνο για να πατήσει για πρώτη φορά στην Ευρώπη, γνωρίζοντας την αποθέωση στο αεροδρόμιο από εκατοντάδες φίλους των ερυθρολεύκων.
Ο «Βούβαλος» φρόντισε να ξεδιπλώσει και στο ταπεινό Ελληνικό πρωτάθλημα, το αστείρευτο ποδοσφαιρικό του ταλέντο, ανοίγοντας λογαριασμό στις 24/01/1988 στο 2-2 με τη Λάρισα στο ΟΑΚΑ (έκανε το 2-1 στο 54') και κλείνοντάς τον ένα χρόνο αργότερα, στις 22/01/1989 με τον Απόλλωνα Αθηνών (έκανε το 2-0 στο 75΄). Παράλληλα, δε δίστασε να αποδείξει στην πράξη, τον λόγο για τον οποίο ο ποδοσφαιρικός κόσμος τον παρομοίαζε με το άγριο και μεγαλόσωμο βοοειδές. Στον αγώνα κυπέλλου της ΑΕΚ με τον Ολυμπιακό στις 10/02/1988 (1-3) στη Ν.Φιλαδέλφεια, ο Μανωλάς διεκδικεί με τον Φούνες την μπάλα, έπειτα από διώξιμο προς την περιοχή του Δικεφάλου. Ο άσος του Ολυμπιακού, αν και ξεκινάει αρκετά πίσω απ' τη σέντρα, κερδίζει στο σπριντ το Μανωλά, ο οποίος τον αρπάζει απ' τη φανέλα και τον τραβάει. Ο «βούβαλος» δε καταλαβαίνει τίποτα όμως και συνεχίζει να τρέχει, σέρνοντας κυριολεκτικά το Μανωλά σαν μικρό παιδάκι από πίσω του! Λίγο αργότερα, στο 76ο λεπτό του αγώνα, θα πετύχει ο ίδιος το 3ο γκολ του Ολυμπιακού πανηγυρίζοντας μπροστά στην «21».
Το Λατινοαμερικάνικο ταπεραμέντο του Φούνες, τον οδήγησε σε κόντρα με τον προπονητή του Γιάτσεκ Γκμοχ, από τον οποίο είχε παράπονα για τον τρόπο που του συμπεριφερόταν αλλά και για τις απάνθρωπες τακτικές προπόνησης, που τον είχαν φτάσει στα όρια του. Είναι η εποχή που μόλις έχει ξεσπάσει το σκάνδαλο με τον Κοσκωτά και την Τράπεζα Κρήτης, το οποίο έχει οδηγήσει σε διοικητική ανισορροπία τον σύλλογο του Πειραιά και αποτελεί και την αφορμή για τον Αργεντινό επιθετικό για να εκδηλώσει την επιθυμία του να φύγει από το μεγάλο λιμάνι. Ο κόσμος, που τόσο πολύ τον αγάπησε, τον αποθέωσε στον αγώνα με τον Απόλλωνα Αθηνών και ο Φούνες εμφανώς συγκινημένος τον χαιρετούσε για τελευταία - κυριολεκτικά - φορά...
Στη συνέχεια βρήκε καταφύγιο στη Γαλλία. Εκεί περίμενε καρτερικά να λυθεί το πρόβλημα με τη «μπλε κάρτα» του, καθώς ο Ολυμπιακός τον θεωρούσε λιποτάκτη και δε τον άφηνε ελεύθερο, αξιώνοντας κάποιο ποσό απ' την επικείμενη μεταγραφή, σε μια προσπάθεια να ξεπληρώσει τα τεράστια χρέη του. Τελικά τα προβλήματα λύθηκαν, ο Φούνες έμεινε ελεύθερος και υπέγραψε στη Γαλλική Νανσί για ένα εξάμηνο.
Το ερχόμενο καλοκαίρι, εν μέσω διαπραγματεύσεων με την Νις, βγαίνουν οι ιατρικές εξετάσεις να γκρεμίσουν τον κόσμο γύρω του. Ο Φούνες, αυτό το τέρας φυσικής δύναμης, ο «βούβαλος του Σαν Λουΐς», είχε σοβαρό πρόβλημα με την καρδιά του. Τόσο σοβαρό μάλιστα, που η ζωή του απειλούταν ανά πάσα στιγμή, αν συνέχιζε να αγωνίζεται. Στη Νις έμεινε μόνο λίγες εβδομάδες, πριν αναγκαστεί να επιστρέψει στην πατρίδα του.
Γυρίζοντας στην Αργεντινή, αναζήτησε την τύχη του σε κάποια ομάδα της χώρας του. Αμέσως η Μπόκα Τζούνιορς ανταποκρίθηκε και του προσέφερε συμβόλαιο, το οποίο όμως ακύρωσε άμεσα μόλις βγήκαν οι ιατρικές εξετάσεις. Η Βελέζ Σάρσφιλντ, ασχέτως αν υπήρχε ή όχι πρόβλημα, έδωσε την ευκαιρία στον Φούνες να αγωνιστεί, όπερ και εγένετο. Το πρόβλημα του όμως τον είχε καταρρακώσει κυρίως ψυχικά και ποτέ δε θα ήταν πια ο ίδιος. Εγκατέλειψε το ποδόσφαιρο το 1990, καθώς ήταν αδύνατον να συνεχίσει να αγωνίζεται.
Στις 11/01/1992, σε ηλικία 29 μόλις ετών, βρίσκει το θάνατο από ανακοπή καρδιάς. Εις μνήμην του, το στάδιο του Σαν Λουΐς μετονομάστηκε από «Estadio de San Luis» σε «Estadio Juan Gilberto Funes», ενώ λίγο αργότερο το Δημοτικό Συμβούλιο του Σαν Λουΐς θα αποφασίσει να δώσει το όνομα του Χουάν Ζιλμπέρτο Φούνες σε λεωφόρο της πόλης.
Φόρεσε την φανέλα της εθνικής Αργεντινής 4 φορές, ενώ οι Κολομβιανοί της Μιλιονάριος τον θεωρούν ως ένα απ' τους μύθους της ομάδας, όπως άλλωστε και οι οπαδοί της Ρίβερ Πλέϊτ που τον έχουν μέσα στα ινδάλματα τους χάρη στο γκολ που πέτυχε στον τελικό του Κόπα Λιμπερταδόρες.
