Ο Ηρακλής συμπληρώνει φέτος 109 χρόνια ιστορίας. Η ιστορία του ξεκινά από το 1899, όταν ιδρύθηκε ο όμιλος Φιλόμουσων. Ο όμιλος δεν ήταν αθλητικός σύλλογος, αλλά ένα σωματείο γραμμάτων και μουσικής. Το 1903, τα μέλη του ομίλου αποφάσισαν να εντάξουν στις δραστηριότητες τους τον αθλητισμό. Δημιούργησαν ένα γυμναστήριο και ίδρυσαν τμήματα κολύμβησης και ποδηλασίας. Ωστόσο, ήταν το ποδόσφαιρο, ένα νέο άθλημα εκείνης της εποχής που «έκλεψε τις καρδιές» των αθλητών.
Η ιστορία του Ηρακλή, μετά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο, περιλαμβάνει τη συμμετοχή σε πέντε τελικούς του Κυπέλλου Ελλάδας (1947, 1975, 1976, 1980, 1987). Το 1976 ήταν η χρονιά που θα μείνει βαθιά χαραγμένη στις μνήμες όλων των φιλάθλων του Ηρακλή. Την 9η Ιουνίου 1976, στη Νέα Φιλαδέλφεια, η αγαπημένη ομάδα όλης της Ελλάδας νίκησε στα πέναλτι τον Ολυμπιακό (6-5, 4-4 στην κανονική διάρκεια και στην παράταση) και κατέκτησε το κύπελλο Ελλάδος.
Την επόμενη ημέρα, όταν οι «κυανόλευκοι» ποδοσφαιριστές επέστρεψαν στη Θεσσαλονίκη, πάνω από εκατό χιλιάδες φίλαθλοι τους επεφύλαξαν αποθεωτική υποδοχή.
Το 1976 ο Ηρακλής μετέχει στο Κύπελλο Κυπελλούχων Ευρώπης, ενώ έξι φορές έχει λάβει μέρος στην διοργάνωση του Κυπέλλου UEFA (1962, 1964, 1989, 1990, 1996, 2000). Μάλιστα, κατά την περίοδο 2000-2001, προκρίθηκε για πρώτη φορά στον δεύτερο γύρο της διοργάνωσης.
Το 1985 ο Ηρακλής κατέκτησε το Βαλκανικό Κύπελλο, επικρατώντας στον τελικό της ρουμανικής Arges Pitesti με 4-1.
Οι σημαντικότερες στιγμές στην ιστορία του Ηρακλή:
1928 Ο Ηρακλής κατακτά το πρωτάθλημα ποδοσφαίρου Θεσσαλονίκης
1933 Συμμετέχει σε ημιτελικό κυπέλλου Ελλάδας
1934 Καταλαμβάνει την δεύτερη θέση στο εθνικό πρωτάθλημα
1935 Βαλκανικό κύπελλο στη Σόφια Βουλγαρίας Σύνθεση Ηρακλή: Σιδερόπουλος, Κατραντζόπουλος, Ρίμπας, Χούμης, Μπαλτάσης, Βικελίδης, Κασιμάτης, Συμεωνίδης, Χριστοδούλου, Μυγιάκης, Κουράντης Γήπεδο: Γιούνακ
| 1938 | Κατακτά το πρωτάθλημα ποδοσφαίρου Θεσσαλονίκης |
| 1939 | Καταλαμβάνει την δεύτερη θέση στο εθνικό πρωτάθλημα |
| 1947 | Συμμετέχει στο Εθνικό Πρωτάθλημα (βγαίνει δεύτερος) και στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας |
| 1951 | Τρίτος στο εθνικό πρωτάθλημα |
| 1957 | Συμμετέχει στον τελικό του κυπέλλου Ελλάδας |
| 1958 | Συμμετέχει μέχρι τον ημιτελικό του κυπέλλου Ελλάδας |
| 1961 | Συμμετέχει μέχρι τον ημιτελικό του κυπέλλου Ελλάδας. Παράλληλα, παίρνει μέρος (πρώτη συμμετοχή ελληνικής ποδοσφαιρικής ομάδας) στο Κύπελλο Εκθέσεων, το σημερινό ΟΥΕΦΑ |
| 1971 | Συμμετέχει μέχρι τον ημιτελικό του κυπέλλου Ελλάδας |
| 1975 | Συμμετέχει μέχρι τον ημιτελικό του κυπέλλου Ελλάδας |
| 1976 | Κατακτά το κύπελλο Ελλάδας |
| 1980 | Συμμετέχει στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας |
| 1985 | Κατακτά το Βαλκανικό κύπελλο |
| 1987 | Συμμετέχει στον τελικό του κυπέλλου Ελλάδας |
| 1989 | Συμμετέχει στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ |
| 1990 | Συμμετέχει στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ |
| 1996 | Συμμετέχει στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ |
| 1998 | Συμμετέχει στην ημιτελική φάση του Κυπέλλου Ελλάδας |
| 2000 | Συμμετέχει στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ περνώντας για πρώτη φορά στον δεύτερο γύρο της διοργάνωσης αποκλείοντας τη γαλλική Gueugnon |
| 2001 | Κατακτά την πέμπτη θέση του πρωταθλήματος και συμμετέχει στην ημιτελική φάση του Κυπέλλου Ελλάδας |
| 2002 | Κατακτά την 6η θέση του Πρωταθλήματος. Εξοδος στην Ευρώπη |
| 2003 | Κατακτά την 7η θέση του Πρωταθλήματος και λαμβάνει μέρος στο Κύπελλο |
| 2004 | Κατακτά την 8η θέση του Πρωταθλήματος και συμμετέχει στην προημιτελική φάση του Κυπέλλου Ελλάδος |
Βασίλης Χατζηπαναγής
Ο Βασίλης Χατζηπαναγής ήταν ο θεαματικότερος και για πολλούς ο καλύτερος Έλληνας ποδοσφαιριστής. Η μεγάλη αυτή ποδοσφαιρική προσωπικότητα έχει συνδέσει το όνομα του με το θέαμα, την ντρίμπλα, την ασσιστ, το γκολ, και γενικά ότι μπορεί να χαρακτηρίσει την ομορφιά του ποδοσφαίρου, γεγονός που ήταν αρκετό να του αποδώσει το προσωνύμιο «Νουρέγιεφ» του ελληνικού ποδοσφαίρου. Η παραδοχή της μεγάλης ποδοσφαιρικής του αξίας ήταν και είναι δεδομένη από το ευρύ ποδοσφαιρικό κοινό, ανεξάρτητα από τις συλλογικές προτιμήσεις. Δεν είναι άλλωστε τυχαίο το γεγονός ότι ανακηρύχθηκε ως ο κορυφαίος Έλληνας ποδοσφαιριστής των τελευταίων 50 χρόνων στην ψηφοφορία που είχε διοργανώσει η Ε.Π.Ο για λογαριασμό της ΟΥΕΦΑ. Η μεταγραφή του στον Ηρακλή και ο ερχομός του στην Ελλάδα το 1975 άνοιξε ένα νέο κεφάλαιο στην καριέρα και την ζωή του. Οι φίλαθλοι του «Γηραιού» γέμιζαν το «Καυτανζόγλειο» για να παρακολουθήσουν τις επινοήσεις του, ενώ τα παιχνίδια όλων των ομάδων με τον Ηρακλή αποτελούσαν πόλο έλξης για του φιλάθλους ελέω του «Νουρέγιεφ» και των περίτεχνων ενεργειών του. Το 1976 οδήγησε τον Ηρακλή στην κατάκτηση του μοναδικού τίτλου στην ιστορία του, του κυπέλλου Ελλάδος, σε ένα αξέχαστο τελικό εναντίον του Ολυμπιακού (σκορ 4-4 και 6-5 στα πέναλτι).
Το επίσημο video της ΠΑΕ για τα 100 Χρόνια
Ο τελικός κυπέλλου του 1976
Αξέχαστες στιγμές του «Νουρέγιεφ»